Giza ezarpenaren lehen aztarnak (industria litikoaren arrastoak eta Paleolito ondoko zeramika) Koa izeneko kobazuloan aurkitu dira, udalerriaren hegoaldean eta Kobaegi baserritik ez oso urruti. Neolitoko zenbait monumentu megalitiko ere badaude, Aralarko larreetarako ardi-bideei zuzenean lotutakoak: Ausokoi I, Ausokoi II, Argarbi, Matxitxane eta Jentilarri, esaterako.
XII. mendearen erdialdean, gaur egungo Santa Fe eliza eta Saturdi ermita Iruñeko katedraleko dokumentu batzuetan aipatzen dira. Gipuzkoa 1200. urtean Gaztelako erresumari atxiki zitzaiola eta, Gaztelako Koroari Ausoko harkaitz-gaztelua eman zitzaion. Aipatutako gaztelua Aralar mendiko bideak kontrolatzen duen gailur batean dago kokatuta: gaur egun Gaztelu izenarekin ezagutzen da mendi hau. Garai bateko gotorleku honek 900 metroko garaiera du, eta harkaitz itxurako tontorra du, Pirinioetako Erdi Aroko gotorlekuen antzera. Ausoko Gazteluak behatoki funtzioa bete zuen XII eta XIII. mendeetan. Gizaldi horietan Nafarroako Erresumaren esku egon zen, baina Gaztelak mendean hartu zuenean, XIV. mendean, zeregin hori edukitzeari utzi zion. Gaur egun, Aranzadi Zientzia Elkarteko talde bat ari da bertan indusketa lanak egiten.
1399an Zaldibiak Ordiziarekin bat egin zuen, bere mugak eta nolabaiteko udal-autonomia gorde zituen arren. Egoera hori 1615 otsailaren 13an aldatu zen, udal independentzia lortu zuenean, eta hiribildu titulua lortu zuen. Titulu hori Felipe IIIa erregeak eman zion 3.575 dukaten truke. Nolanahi ere, urte horretan bertan Oria ibaiko Batasuna sortu zuen, Altzaga, Arama, Gaintza, Legorreta eta Itsasondorekin batera. Elkartze hau Gipuzkoako Batzar Nagusi eta Partikularretan ordezkari bat izateak eragiten zizkien gastuei aurre egiteko sortu zuten. 1682 eta 1714 bitartean Villafrancako Batasunaren barruan egon zen, eta 1818 eta 1852 bitartean, Ataun eta Beasainekin batera, Atazalbea Batasuna sortu zuen. 1852an, hain zuzen, bakarrik ekin zion udal-jardunari gaur arte.